بعدما عبرت السفن مضيق ماجلان توجهت صوب الشمال الغربي، فوصل البحارة خط الاستواء في 13 فبراير 1521. وفي يوم 6 مارس وصلت السفن جزر ماريانا وغوام. وقد أطلق ماجلان على غوام اسم "جزيرة الأشرعة" لأنهم رأوا الكثير من المراكب الشراعية. ثم عادوا وأسموها "جزر اللصوص" بسبب سرقة المراكب الجانبية للسفينة ترينداد، لذلك فالإسطول لم يتوقف في ماريانا[17]. وفي يوم 16 مارس وصل ماجلان جزيرة هومونهون (en) في الفلبين ومعه 150 من البحارة الباقين، وماأن حط بالجزيرة حتى بدأ البحارة بجمع الطعام ومايحتاجونه في رحلتهم بسبب نقص الطعام لديهم[18]. كانت جزيرة هومونهون غير ماهولة، ولكن إسطول ماجلان مراقب من قبل سفن كولامبو راجا جزيرة ليماساوا (en)، والذي قاده إلى جزيرة سيبو في 7 أبريل بعدما تبادل الهدايا معه[19]. حيث أن راجا كالامبو حليف لراجا سيبو. ويعتبر طاقم تلك الرحلة هم أول من وصل إرخبيل الفلبين من الأسبان. ولكنهم ليسوا أول الأوربيون[20]. كان ماجلان قادرا على مخاطبة القبائل الأصلية بواسطة خادمه انريك الملايو الأصل (en) القادر على فهم تلك اللغات. فأصبح راجا هومابون سيبو حليف لماجلان والأسبان الذين معه، وقد اعتنق المسيحية هو وزوجته الملكة أميهان، وبعد ذلك أقنع كلا من راجا سيبو وحليفه داتو زولا ماجلان بقتال عدوهما داتو لابو لابو في ماكتان. وقد كان ماجلان يرغب بتحويل لابو لابو إلى المسيحية كما فعل هومابون سيبو، فاقترح على لابو لابو ذلك ولكنه رفض. وفي صباح يوم 27 أبريل 1521 أبحر ماجلان إلى ماكتان مع قوة صغيرة. وخلال المعركة ضد جماعة لابو لابو قتل ماجلان بواسطة سهم مسموم وتمت محاصرة تلك القوة والإجهاز عليها بالحراب وغيرها من الأسلحة.
وقد زود كلا من بيجافيتا وجينس دي مافرا شهادات مكتوبة عن تلك الأحداث التي بلغت ذروتها بمقتل ماجلان:
"عندما أتي الصباح خرج 49 منا إلى الماء الذي يصل إلى الفخذين، واستمرينا نسير على الماء لمسافة أكثر من رميتين نشاب قبل أن نصل الساحل. ولم تتمكن القوارب من الوصول أكثر بسبب الصخور الحادة في الماء. وبقي 11 شخص بجوار القوارب لحراستها. وعندما وصلنا الجزيرة فإن [الأهالي] قد افرزوا أنفسهم إلى ثلاث مجاميع وعددهم يصل إلى ألف وخمسمائة مقاتل. فعندما رأونا صاحوا صيحات مدوية مشحونة بالازدراء لنا... فأطلق رماة البنادق والسهام علينا من مسافة نصف ساعة ولكن دون جدوى، فعندما ميزوا القائد بيننا حولوا رميهم عليه فقد طرقت خوذته مرتين، فألقى على وجهه أحد الأهالي برمح خيزران، ولكنه سرعان ماتمكن منه وقتله برمحه الذي ألقاه عليه. ثم حاول أن يخرج سيفه ولكنه لم يتمكن أن يخرج نصفه بسبب إصابة ذراعه برمح خيزران. فعندما رأى الأهالي هذا المشهد رموا أنفسهم جميعا عليه، فضربه أحدهم رجله اليسرى بسيفه المقوس، مما سبب بسقوط القائد على وجهه، ثم وبسرعة تناوشوه برماح الحديد والخيزران وبسيوفهم المقوسة، ولم يبرحوا حتى قتلوه، لقد قتلوا مرآتنا ونورنا وراحتنا ومرشدنا. فعندما طعنوه كان يلتفت إلينا ليتأكد من ركوبنا جميعا القوارب. عندئذ كنا نلمح إليه وهو ميت ونحن جرحى وهاربين إلى القوارب التي ابتعدت عن الساحل، وذلك أفضل مااستطعنا فعله[21]."
وقد كتب ماجلان في وصيته ان انريكي مترجمه سيكون حرا عند وفاته. ولكن مع ذلك فبعد معركة ماكتان رفض قادة السفن المتبقية تحرير انريكي. مما حدا به أن ينجو بنفسه عند أول فرصة له يوم 1 مايو بمساعدة راجا هومابون سيبو، وسط مقتل ما يقرب من 30 من افراد الطاقم. وقد دون بيجافيتا بعض الكلمات من اللغة البوتوان والسيبو، حتى بدا أنه قادر على مخاطبة والتواصل مع الأهالي خلال الفترة المتبقية من الرحلة. وقد حاول الإسبان مقايضة جثة ماجلان ببعض مما لديهم من البضائع مع الأهالي، ولكنهم رفضوا ذلك ولم يتم العثور على جثته أبد